零號機之魂
這是EVA當中一個很大、很具爭議性的謎題吧！我們都知道，EVA初號機有碇唯的靈魂，而二號機有京子(明日香之母)的靈，而他們都是駕駛者的母親。那麼零號機呢？綾波零是個複製人來，並沒有所謂的母親吧。那麼零號機有沒有魂呢？如果有，那在裏面的魂究竟是何方神聖？
暴走事件
在EVA 之中，初號機算是暴走得最多次數的一架，其次是零號機，然後就是二號機(只在EOE中暴走過)。初號機與二號機的暴走，我們大都可以解釋為當中的魂為保護子女而作的。然而，零號機的暴走卻使人摸不著頭腦。零號機分別在片集中出現過兩次的暴走情況：第一次是啟動實驗時，第二次是機體互換測試時。
第一次的暴走事件早在真嗣來到第三新東京市之前已經發生了，那是綾波零的駕駛測試。在測試中途，零號機突然失控，掙脫了緊鎖拘，像發了狂般。雖然已經將電源切斷了，但在仍有內部電源之下，零號機將駕駛栓射上天花版，更似有目的地向著碇源堂揮拳，直到內部電源用完為止。
第二次的暴走事件發生在機體互換的實驗時，綾波與真嗣互換機體。在初號機中的綾波並沒有甚麼異樣。而當真嗣在零號機上時，真嗣感到有東西進入他的腦，他看到了綾波零。然後就暴走了，掙脫了緊鎖拘，失去控制。同樣地，律子將電源切斷。不過在停止之前，零號機向綾波零揮拳，還不停地以頭撞向牆。在此之後，律子說：「零號機想打的一定是我，不會有錯。」
究竟有誰的靈魂會令零號機作出如此的行動呢？有以下幾個主要的說法：第一人目說、赤目直子說、碇唯說及無魂說。
第一人目說
此說法認為在EVA零號機裏的是第一人目的零。在第一人目的零及直子殺死之後，她的魂給移到零號機的核心當中。
支持：
- 零號機能與綾波零同步，是基於第一人目跟第二人目的零的原故。
- 零號機能夠與真嗣同步，是因為零有部份是由碇唯複製出來，故此腦波相近。
- 啟動實驗時，在零號機中的第一人目看到了自己在駕駛，感到十分疑惑以下而產生了精神錯亂而暴走，合符情理。
- 機體互換實驗時，真嗣感到了綾波的影象。
- 第一人目對於殺死她的直子應有所憎恨，所以律子才會認為零號機想打的人是跟直子有血緣關係的她。
疑問：
- 綾波零是用來載著LILITH靈魂的容器，如果第一人目的靈魂被放入零號機的話，那不是說零號機的魂是LILITH嗎？第二人目是沒有靈魂的嗎？
- 第一人目會對律子產生怨恨嗎？殺死她的是直子才對。
- 啟動實驗時將插入栓射上天花版的事似乎未能解釋。
- 互換實驗中揮拳的對象主要是第二人目的零，第一人目會憎恨第二人目好像不太合理。
- 第一人目理應不會憎恨碇源堂才對。
當然，這裏還可以有很多反駁。靈魂形成是如何的？我們怎知道在LILITH的靈魂在第一人目的時候，第一人目有沒有發展出自己的靈魂？在片集中並沒有為靈魂下一個很清楚的定義吧？另外，第一人目會憎恨第二人目，可能是感到自己被替換了而變得沒有價值。(不過一個小孩會想這麼複雜的事？)
總括來說，第一人目說只解決了同步的問題，卻對揮拳事件未能有所交代。
赤目直子說
這個也是比較流行的說法，說在直子死後，碇源堂便將直子的靈魂轉到零號機上去用了。
支持:
- 在啟動實驗時將插入栓排出射向天花板，及在互換實驗時揮拳向零得到解釋，因為直子一直不喜歡零。
- 直子揮拳向源堂是因為這個男人將她捨棄了。
- 律子會以為零號機想打的人是她，是因為律子與源堂之間的關係。
疑問：
- 直子的主要工作是MAGI的，有關EVA的工作應該不干她的事，所以說她會成為零號機的靈魂機會反而不大。
- 直子在零號機的話，理想駕駛人選應該是律子吧？可是駕駛者卻是零。
- 在啟動實驗時暴走之後，為何零與直子可以同步呢？是講和了嗎？
- 真嗣並沒有感到直子的存在，而在片集中也沒有絲毫的暗示。相對於初號機與二號機來說，卻是有很多的証據。
這個說法最大的缺陷是只解釋了事件，卻沒有解釋了同步的可能。要直子跟零同步，這個機會有多大呢？
碇唯說
這個說法認為碇唯將自己的靈魂複製了，將其放進了零號機當中。
支持：
- 支持了為甚麼零號機與初號機能夠互換，因為兩者都是碇唯的靈魂，所以都能跟其生理上有關的駕駛者(複製人零及兒子真嗣)進行同步。
- 碇唯會對律子產生憎惡，是因為律子跟源堂的關係。
疑問：
- 據律子說，沒有辦法將靈魂數位法，所以複製靈魂可行嗎？如果可行，為甚麼dummy plug都沒有靈魂，只是模擬駕駛員的思考模式而已？他們大可以依樣畫葫蘆地複製靈魂。
- 碇唯理應不會憎恨碇源堂與零吧。
- 侵入真嗣的腦的綾波影象未能解釋。
- 碇源堂只對初號機說些像跟唯說的話，卻從未見過他跟零號機這樣作。
這個說法對EVA中有關靈魂的理論都忽視了，只著眼於同步的可能性上，所以有很多缺陷。
無魂說
這個說法認為零號機是沒有靈魂的，不過因為綾波零的關係，在零號機身上有著綾波各種不同的部份。EVA也不只是機械，而是有血有肉的。就像是我們馴養寵物般，日子久了，寵物會知道主人的行為、習慣、想法等等。
支持：
- 律子說，EVA只是沒靈魂的軀殼，是我們讓魂寄宿進去的。基本上，沒有靈魂的EVA是不可能作出同步的。不過，我們不要忘了駕駛者是綾波零，是碇唯及 LILITH的複製體。她跟渚薰一樣，有著相同的特質，所以如果說渚薰能夠控制靈魂正在自我封閉的二號機，零也應該可以控制沒有靈魂的零號機。
- 零號機雖然沒有靈魂，但卻了解到綾波零那種「自我摧毀」心態。綾波零常常有那種「想歸於虛無」的想法，這樣解釋了為甚麼兩次的暴走中，綾波零都是被傷害、攻擊的對象。
- 跟據律子說過：「難到零號機要得到真嗣君嗎？」，我們或許可以推測得到，EVA在沒有靈魂時是十分渴求一個靈魂在其中才得以安定下來。所以京子、碇唯、甚致在機體互換試時的真嗣，都發生了異常的狀況。
- 真嗣看到綾波的影象得以解釋，因為零號機有著綾波不同的點滴。
- 綾波零擁有一種「歸於虛無」的願望，卻因為碇源堂而變得不可能。因此，綾波零在潛意識上有對碇源堂及有關EVA人員的一種反叛(直至第三次衝擊時，我們看到了她背棄了源堂)。亦因此，在兩次實驗中，零號機都對碇源堂及律子揮拳。
疑問：
- 零應該不會憎恨碇司令及律子，如果用潛意識來解釋，應該在第三人目上才有一種背叛源堂的心理。
- 無魂的EVA能否動呢？如果沒有靈魂的話，那同步是甚麼意思？駕駛者跟誰同步？
無魂說似乎能夠解釋到很多，但始終面對著一個很大的問題：「無魂的EVA能夠同步嗎？」這是一個我們都不能得到結論的問題。我們是否因為零的關係而可以將問題解決？
以上就是最流行的幾個說法，以筆者來說，我比較相信無魂說。因為他能夠較完滿地解釋兩次實驗的結果。不知道大家的意見如何呢？不妨想想，討論討論一下。
附：EVA機體的靈魂理論
我在這裏只作一篇簡單的介紹，待有機會才作更深入的探討吧。讓我們來看看幾篇相關的對話。
第十七話：第四個適任者 - 有關DUMMY PLUG REI-01
律子：「這是試作出來的替身插栓，已經移植了零的人格。不過人的心和靈魂沒有辦法數位化，所以充其量只能算是個冒牌貨，說是假的也不為過。」
特寫面板。上面有『REI-01』的字樣。
律子：「只是個會模仿駕駛員思考模式的機器。」
碇：「把信號模式輸送到EVA裏；只要讓EVA覺得裏面有駕駛員，能和它同步就夠了。初號機和二號機也一樣輸入。」
律子：「可是這其中還有問題。」
碇：「沒關係。只要EVA能動就好。」
律子：「是。」
第二十三話：淚 - 發現DUMMY PLUG的真相時
律子：「人類撿到了神，就高興的把它據為己為；所以十五年前受到了天譴，好不容易撿到的神就這樣消失了。結果，這次人類竟然想靠自己來使神復活，於是就有了亞當。之後又從亞當創造出與神相彷的人類，那就是EVA。」
真嗣：「EVA、EVA是人類？」
律子：「對，是人類。本來EVA是沒有靈魂的，是我們讓人的靈魂寄宿進去的。」
我們看到的第一件事，是靈魂是沒有辦法數位化的(digitalize)。為什麼要數位化呢？因為數位化的東西方便用於電腦上。在電腦的世界，就是數位化的世界，以0和1運行的邏輯。用上數位化的靈魂，我們可以只在電腦內儲存一個備份，在需要時就可以複製一個出來用(只是將資料的0與1抄出來)。要留意在這裏，律子只說「沒有辦法」而不是「不可以」，所以靈魂數位化只是還未成功吧！然而，他們對靈魂卻有一定的理解，否則便沒有靈魂轉移的技術了。不過靈魂要怎麼轉移，在劇集中卻沒有提及過。
第二件事是EVA是沒有靈魂的複製驅殼，是我們將人的靈魂寄宿進去。但為甚麼要這樣作呢？大概是為了操控吧！他們有複製的技術，卻不知道操控的方法。碇唯對此已經有了一些理論，就是以插入栓的方式，作出神經連合的同步，以操控EVA機體。然而，這是有一定的風險的，因為我們對EVA的了解實在太過淺了。
不過也有說法是，這些沒有靈魂的EVA都渴求有一個靈魂在當中，才會穩定。所以在初號機及二號機的試驗中，碇唯及京子都被吸入了。分別是碇唯是願意的，而京子卻不願意。
另外，對於碇唯來說，她的計劃是要操控到EVA，因此，她先以自己作試驗者，試試可不可以以這種形式來操控。萬一失敗(或許她早已知道了失敗的後果，就是被吸入了EVA的核心當中)了她還有後著，就是以母子之間的血緣關係操控EVA。我想碇源堂是完全了解這件事的，因此在碇唯被吸入的之後不久，他就恢復過來實行碇唯的計劃：首先推出碇唯有關「母子操控」理論，然後找試驗者。明日香顯然就是被選中的，因為京子也曾試過這實驗，而在之後她也精神失常了，或許靈魂已被吸入了EVA當中，可以一試(也沒有那麼多EVA可供試驗了)。所以明日香在那麼小的時候就已經知道自己被選中了作EVA的駕駛員。
我們雖然不能夠肯定這種「母子理論」是否唯一的操控方法，不過卻可以知道這種方法還是挺有效的，這從真嗣與明日香的同步率都比綾波好可見。