第二次衝擊
死海文書
要先說說死海文書的事，在故事中，這是相當於Seele的宗教典籍，當中預言了十七個使徒的來襲，以及將來的事。在這裏要說一句，大家在現實中雖然也有死海文書，但最好不要跟故事中的那本作比較。始終EVA是一個獨立故事，雖然導演庵野秀明在動畫中作出很多宗教化的設定，但沒有證據說這些設定是完全跟現實的材料是一模一樣的，只能當為參考資料。
計謀
Seele從死海文書中得知人類將會進化到另一個階段，人與人之間互相融合補足，成為一個巨大的生命體，這個生命體就是「神」Lilith，亦即進化表示著人類將可成為「神」。
不知道是死海文書的帶引還是巧合，有人找到了在南極沉睡中的亞當，這裏用上「有人」因為實不知道是誰先發現，究竟是SEELE的人先發現，還是到南極的葛城調查隊呢？不清楚，兩個說法都可以說得通。無論如何，在找到亞當之後，SEELE抓著科學家們對真相的那種執著，引他們(葛城調查隊)到南極，找到這個巨人。其中葛城博士對巨人的力量作出研究，並提出S^2(Super Solenoid)的理論為巨人的動力來源。
SEELE更提供了從死海打撈的朗基努斯之槍給葛城調查隊，這其實是計謀。因為他們知道，像葛城這種對真相渴求發現的科學家，一定會興致勃勃地對沉睡中的亞當進行種種的實驗，或為了求真相，或為了證實自己的理論。在劇場版Death的開頭有關第二次衝擊的描述當中，我們可以從那些對話中發現，葛城要進行長槍與亞當的融合實驗。
第二次衝擊的日期
有人說第二次衝擊是在八月十五日，有的說是九月十三日，究竟那個才是對的？
在電視版中，第二次衝擊的日期跟漫畫版是不同的。在《Photo Album - Adam》中，其大事年表指出第二次衝擊之日期為九月十三日。其實在劇場版Death中，我們亦可以推算到的。在Death的開頭有關第二次衝擊的描述當中，有一個攝錄機的畫面，當中聽到科學家的對話。留意一下，攝錄機的日期是八月十五日；而其中的科學家說「下月十三日」進行融合實驗，亦即是第二次衝擊的日期九月十三日。
另外一提，六分儀源堂與碇唯也曾到過南極，為了是拿取有關亞當的研究資料。在十一日到達，而在融合實驗之前已離開了。
光之巨人
在第二次衝擊之前，即融合實驗之前。除了各種研究之外，葛城還為亞當安裝上拘束具，以限制其力量。而這種拘束具到後來的EVA也有用上，也是為了限制EVA的力量。
在九月十三日，朗基努斯之槍與亞當的融合實驗正式開始。讓我們仔細地看看發生事故時發生的事，以下是來自劇場版filmbook：Death的對白。
「警急狀況，警急狀況。全員換上防禦服。第二層以下的作業員，請儘速至中央大垂直溝上部避難。」
「阻止表面的發光！超越預定界限值！」
「潛藏於亞當之中的基因已經呈物理性融合。」
「AT力場全力解放！」「槍！把槍拿回來！」
「不行，磁場保不住了！」
「沉下去了！」
「就算一點點也好，把被害範圍儘量減少！」
「把構成原子分解至夸克單位！快點！」
「在GAF之門開啟的同時，開始進行熱冷卻處理！」
「好厲害…開始步行了。」
「確認也從地上開始步行！」
「就算只剩零點一秒也好！讓它本身的AT力場產生干預的可能性將能源搾出來。」
「倒數計時進行中！」
「S^2機關以及啟爆裝置都受鎖定。無法解除！」
「範圍擴大了！到地面上了！」
(之後，畫面展示出南極發生了爆炸了。光之巨人在動。葛城博士將美里送入救生倉。及後美里在海上，從救生倉看出來，見到四只翼在動。)
在這些對白中，當中雖然有很多科學用詞，但我們可以從這裏得到很多的資料。
- 「請儘速至中央大垂直溝上部避難。」
由此可以知道，當時的南極調查隊，在南極建造了一個類似之後NERV的建築架構，以至有相類似如「中央大垂直溝」的地方稱呼。NERV是建於地下大球體「黑之月」裏；由此推敲，南極調查隊很有可能在一個相類似的地方上，即是亞當的「白之月」。亞當位於「最終教條」(TERMINAL DOGMA)裏，正在沉睡著。
在實驗的時候， 亞當的基因與朗基努斯之槍發生了融合，以令到AT力場全力解放。大家記得在第三次衝擊時初號機跟長槍融合，形成生命之樹嗎？情況或許是類似的。
- 「在GAF之門開啟的同時，…」
甚麼是GAF之門呢？從劇場版場刊有以下解釋：
[Gaf’s Room] (Gabu no HEYA) 靈魂之屋
語出自26話冬月的說法。他提到開啟靈魂之屋，和世界的肇始與打開終結之門具有同等的意義。當其門大開之時，地球的表面將轉為LCL，人類將無法保有自己的形體，而回歸到原始的LCL形式。在TV版21話，律子也提到了靈魂之屋。
看來這在GAF之門的開啟，其實是指一種現象，以第三次衝擊為例，就是指「地球的表面將轉為LCL，人類將無法保有自己的形體，而回歸到原始的LCL形式」。在這句說話的時候，這個現象該快要開始吧。然而，在這裏的GAF之門的意思是否真的如上所述，我們無從考究，只是推測而已。
- 「…讓它本身的AT力場產生干預的可能性將能源搾出來。…」
調查隊的人正在試圖將光之巨人的能量奪走。為的是甚麼呢？記得在劇場版AIR中葛城美里所說的嗎？在其他使徒醒來之前讓傷亡減到最少。其他使徒？還有使徒嗎？很可能，而且這位使徒很有可能就是神龍見首不見尾的第二使徒！那也是為甚麼十五年後的那個被稱為第三使徒。
結果就是，葛城洞悉了有其他使徒的存在，知道當這個使徒跟光之巨人亞當一經融合，就會令人類滅亡。為了令人類的傷亡減至最少，便嘗試將能量從亞當拿出來，將亞當變回卵的形態，以令到使徒跟亞當的融合不能成功。
將能源搾出來之時，觸動了亞當的S^2機關，發生了巨大的爆炸。這就是第二次衝擊了，其後光之巨人雖然仍在動，但也只是強弩之末，伸出了四只翼在悲鳴。葛城美里見到的就是這個情景了。當然，這些也只是推測。但將亞當還完回卵的形態而引發了這次衝擊準是沒錯。
SEELE的目的
搞風搞雨的SEELE究竟是甚麼葫蘆賣甚麼藥？為甚麼要引葛城去做實驗？目的為何？
我們必要知道的是SEELE的人對死海文書深信不疑，死海文書上預言著人類的每一件大事，所以衝擊、以至後來的使徒來襲都是一早預知的。最終極的目的便是實行人類補完計劃，將所有人歸為一體，與「神」(LILITH)同在。
在實行一個SEELE們心目中的人類補完計劃(即可在他們控制之下的)，單單用人類的力量是不夠的。他們需要借用神的力量，因此而有了以後EVA。這個「神的力量」究竟是指甚麼？大概是指能夠製造強大的AT力場，以致S^2機關的使用。因此，在南極第二次衝擊之前，SEELE就派了碇唯、源堂到南極取得所要有關葛城研究S^2機關的資料。
借出朗基努斯之槍又是甚麼意思？SEELE應該早知會有衝擊吧？為何還肯冒險？只可以說他們對死海文書的那種信念是如何的強大吧！到最後，亞當給還完原至卵的形態，他們得到了亞當，而又有效地防止了以後使徒們與亞當的接觸。