第三次衝擊
第三次衝擊，就是指人類補完計劃。何謂人類補完計劃？簡單來說就是將所有人類以進化的手段融合成一單體生物，人心之互相補完。在這個計劃中，各人各懷鬼胎，令到事情錯綜複雜，也製造了很多的謎題。
各人的目的
在這齣動畫中，各個人有著不同的目的與理念，因而令到事情錯綜複雜。那麼各人的目的是如何？
- SEELE：在其操控之下，完成人類補完計劃，回歸到神的地方，讓所有東西成為一體，互相補足
- 碇唯：就是要讓人類搭上EVA，讓人類能夠永久地生存
- 碇源堂：本來在開始時，他跟碇唯有著相同的理念。到後來，碇唯的離去(到初號機那裏)，對他有了很大的影響，令得他的目標改變，就是要再見其妻碇唯。
知道各人的目的後，我們會對他們的行為得到一個比較清晰的概念。
補完計劃
再來就是要說說這個關鍵的計劃，要真正觸發補完(融合)，需要甚麼條件？
如果你相信第一次衝擊就是LILITH分出了亞當出來，那麼簡來說，補完的條件自然是亞當與LILITH的融合。
當然當中有很多的技術問題，如：如何掘起黑之月？怎樣形成生命之樹匯集生命？怎樣形成足夠強的反AT力場？在此暫不考慮。
問題是：如何可控制這個融合過程？答案是讓一個自我意志的個體加入到當中。這個要如何才能做到呢？
SEELE方面
要在SEELE控制之下，完成補完計劃，SEELE要做些甚麼？
一、首先，他們要擊到在死海文書中預告要來的使徒。
二、為了令得補完計劃是真正在他們的掌握之中，他們必須要有朗基斯之槍。
三、為了以防有甚麼不測，他們要為LILITH作一個複製體。
四、得到亞當，以作融合之用。
五、讓一個擁有自我意志的個體加入到補完階段中。
條件一可以理解。但條件二及三是從何而來？請參考以下的對白：
錄自劇場版 – AIR
基爾：「約定的時刻已經來臨。失去朗基努斯之槍的現在，已經無法靠LILITH來補完。唯一之計就是希望身為LILITH分身的EVA初號機來實行這個計劃。」
碇：「這不是跟SEELE的劇本不符嗎？」
由此可見，SEELE的原本計劃是想靠朗基努斯之槍及LILITH補完；但在失去朗基努斯之槍的時候，他們要用LILITH的複製體來執行。至於為甚麼朗基努斯之槍那麼重要？為何沒有朗基努斯之槍就不用LILITH來執行？在此暫且不述。
條件一，說明了為甚麼他們要得到「神的力量」，為了能擊到能操控強大AT力場的使徒，他們必須要用有同樣能操控AT力場的武器，那就是EVA。亦因此，他們要取得有關S^2機關及亞當的資料，因此，在第二次衝擊之前，他們派了碇到南極，取得有關資料。其後發展人工進化研究所(GEHIRN)，再用上複製技術，不斷的嘗試，雖然有很多失敗之作，但最終亦做出了EVA機體。
在最初的EVA，只能靠外部電源來維持活動，因為對於S^2機關的動力來源還未研究成功。在TV動畫中，在研究S^2機關時發生過一次意外，結果是整個NERV第二支部給吞噬。又，在一次與使徒的對戰中，初號機意外地從使徒身上取得 S^2機關，這是SEELE意料之外的事。到最後，S^2機關的研發已經成功，九架塔載上S^2機關量產型的EVA出動，以助補完之用。
條件二，朗基努斯之槍，在紅海送到南極以作光之巨人的實驗之用，亦引發起第二次衝擊。之後，碇司令專程到南極打撈之，將之移到NERV總部最終教條中，給插在LILITH身上。其後卻發生了事故，長槍給上到月球去，這是SEELE意料之外的。
條件三，為LILITH作一個複製體，因此而有了初號機這一個分身。
條件四，他們在第二次衝擊後，已經得到亞當的卵形態，亦將其魂抽出。
條件五，這個擁有自由意志的人，便是渚薰了。渚薰是第二次衝擊出生的小孩，一直在SEELE的環境下長大。SEELE養育薰，是為了其在補完計劃能夠幫助控制補完。同時，渚薰也被用以作模擬插頭(DUMMY PLUG)，供量產機之用。
這是大概SEELE方面的原本計劃的情況。
碇源堂方面
在其妻碇唯實驗意外之前，他仍與妻子有著同一信念，就是希望EVA能夠讓人類享得永生。不過，實驗之後，碇唯的「離去」對他做成很大很大的影響，令得他有了一個念頭：再見碇唯。
我們要明白，碇唯給融合到初號機裏，已經是人類的一種新的形態，對於碇源堂來說，唯變得遙不可及了，尤其在初號機得到S^2機關之後，唯就等同神一般存在了 (擁有智慧之實及生命之實)。因此，為得自己能夠和碇唯再遇，他一定要透過某些東西來讓自己提升到與唯同等的境界，而這個東西就是補完計劃。
為了讓自己能夠好好掌握補完計劃，他作出了以下的行動：
一、瞞著SEELE，做出「靈魂的容器」-- 綾波零，用來裝載LILITH的靈魂，為的是讓SEELE不能掌握到情況。
二、讓朗基努斯槍消失，迫得SEELE以初號機來執行補完。
三、得到亞當，並植入手中。
四、最後憑藉綾波零，想藉此成為補完計劃中的操控者。
這是大概碇源堂方面的情況。
歷史
由於SEELE與源堂的爭鬥，他們是不可能按照原來自己心中的計劃實行。再加上各種人事的變遷，事情變得很複雜。在了解過他們想做甚麼之後，讓我們看看事情的演進。
在1999年，六分儀源堂認識了碇唯，有人說那是源堂想藉此進入SEELE，我們不知道，但無論如何，他們就此認識。而源堂也進入了SEELE。
在2000 年，第二次衝擊發生前的幾天，SEELE派了碇去南極取得有關葛城博士對光之巨人及S^2機關的研究，並於衝擊前離去。及後衝擊發生了，亞當給還完至卵的形態，後轉到SEELE手上。而在衝擊的同日，使徒渚薰出生了，並由SEELE收留。(相信SEELE開頭並沒有計劃要怎利用渚薰，只是覺得其有利用價值而留下)
於2003年，SEELE在箱根已設立了人工進化研究所，所長為已改姓氏的碇源堂。而研究所的真身仍稱為GEHIRN的組織，其中要員有碇唯、赤木直子、冬月等，進行「E計劃」。其中，零號機與初號機正在製造當中。
在2004 年，碇唯進行與初號機的接觸實驗，離奇失蹤。實情是她給融合進初號機的核心當中，碇唯的目的是讓人類可以永久地生存下去(在EVA裏面)。而對SEELE 而言，這個實驗証明了EVA機體要有一個「魂」在裏面才可以有較好的運作，因此在及後的EVA都採取這種作法，先把母親的「魂」寄宿在裏面，再讓其子女運作EVA機體，以得到高的同步數值。
碇源堂亦因此而起了變化，起了要再見其妻的念頭，利用SEELE進行部署。而在唯「失蹤」後一週，亞當再生計劃及人類補完計劃正式開始。而碇源堂亦開始瞞著SEELE製作出以碇唯為原形、LILITH的複製的複製人綾波零，用以裝載 LILITH的靈魂，也用作以後的DUMMY PLUG SYSTEM。(在此，對綾波零的出生日子，筆者有所保留)
2008年，律子加入GEHIRN工作，知道了碇源堂的手段，就是以肉體關係令赤目直子完成超級電腦三賢人(MAGI)的基礎理論與建構。
而於2010年，三賢人正式完成基本部份，而小綾波(第一人目)亦登場。直子因為知道自己只是碇源堂的一顆棋子，在三賢人建構成功後已沒有利用價值，盛怒之下殺了小綾波，然後自殺；其後碇源堂即換上第二人目的零，神不知鬼不覺。同年，GEHIRN改為特務機關NERV，成為一個執行機關。估計在這期間，律子跟源堂開始男女關係，而源堂的目的只是利用律子作三賢人系統的有關工作。
到目前為此，SEELE對碇源堂仍是十分信任的。而源堂仍暗中進行自己的計劃。
多事的2015
多事的一年來了，就是2015年，死海文書預言的使徒正要來臨。早被父親源堂所拋棄的碇真嗣給召回來，成為第三適任者，用以駕駛初號機，對付使徒。而在這一年，使徒亦一個跟一個來，其間似乎沒有組織性；但其目的只有一個，就是要回到位於NERV最終教條中的所謂「亞當」那裏。但使徒們並不知道那個其實是 LILITH而非亞當，這可能是基於亞當與LILITH有著很相似的地方。(本是一體吧！)
在第二適任者明白香到日本的行程中，雙面間諜加持良治亦帶著已用電木樹脂硬化的卵形態的亞當交到碇源堂的手中。然而，這個只是亞當的身體，並沒有靈魂在其中。其間第六使徒(水使徒)來襲，這是唯一一個衝著真正的亞當而來的使徒。
在第十二話「奇蹟的價值」中，碇源堂逢SEELE之命到南極打撈回朗基努斯之槍。其間，第十使徒來襲。而在其後的十四話「SEELE、魂之座」中，由零號機執行作業，將長槍插入LILITH身上。
第十五話「沉默與謊言」中，揭露了碇源堂在中央教條中，拿取零的資料，這是用以作DUMMY PLUG SYSTEM之用。在同一話，加持與美里發現了最終教條中的LILITH，並誤認其為亞當。
在第十七話「第四適任者」中，位於內華達的第二支部在研究S^2機關的時候發生了錯誤，給類似「迪拉克之海」的虛數空間完全吞沒。對於SEELE來說，這是意料之外的損失。在同一集，揭露了以零為基礎的模擬系統的存在，這是SEELE所不知道的。
在第十八話「生命的選擇」中，初次嘗用以零為基礎的模擬插頭來駕駛，威力駭人。
在第十九話「男人的戰鬥」中，初號機完全暴走，同步率超出400%，不單消滅了第十四使徒，更吃了其S^2機關，得到永久動力機關。這件事件嚴重脫離了SEELE的劇本，在其後，SEELE大興問罪之師，並對碇源堂開始生疑。
第二十二話「至少、還像人類」中，碇源堂私下主意，讓零號機拔去LILITH身上的朗基努斯之槍，以對付使徒。目的在於要令朗基努斯之槍消失在地球之上，迫得SEELE在補完時以初號機來執行。這件事令到SEELE十分不滿，而在長槍給拔出的同時，LILITH的下半身給長出來。另，在同話中得到消息， SEELE方面正在將EVA進行量產。
第二十三話「淚」中，綾波零(第二人目)以自爆來消滅使徒，但其後第三人目的零即替上。此事惹起SEELE極大的懷疑，並要求接見綾波零，但碇源堂只派律子接見SEELE。律子得知自己是零的替代之後，極為不憤，不明白自己為甚麼及不上一堆沒靈魂的空殼。亦因此，在真嗣及美里也在場的情況之下，她將模擬系統中的「零 」破壞。後來，她給監禁了。
第二十四話「最後的使者」中，SEELE對碇源堂可以說是失去了信任，於是想提早進行人類補完計劃，怕碇源堂再出甚麼亂子。因此，他們直接派了第十七使徒渚薰到NERV，名義上是替代明日香的駕駛員。渚薰擁有亞當的靈魂，由SEELE養育而大，知道自己是使徒，有回到母體亞當的使命。SEELE有這個決定是因為他們認為LILITH的魂已經回到其本身體中，還未及到第三人目的零身上。
SEELE想做的是：讓渚薰回到被其誤認為亞當的LILITH中，由於渚薰擁有亞當的靈魂，跟LILITH融合就會引發衝擊。而渚薰就會成為那個可以控制補完過程的人，會跟隨SEELE的意思進行補完。
可是，LILITH的魂已給移到第三人目的零的身上，這是SEELE所不知道的。而渚薰在幾天與真嗣的相處間已經發生了感情，再加上在最終教條中，他識破了那是LILITH而不是亞當。因此，他選擇了死亡，讓真嗣生存下去。
於同一集中，我們可見碇源堂的手已經植上卵形態的亞當，而在渚薰死後，亞當的魂亦已回歸到其原體上。可以說碇源堂已將各樣東西握在手上了。
最後階段
接著要說的內容，已經是劇場版AIR及真心為你的內容了。
SEELE對於碇源堂的行動再不能容忍，首先以五台在世界各地的三賢人入侵NERV的三賢人，想加以控制。但碇源堂以律子的技術，以一敵五，保存了三賢人。
因此，SEELE決定以武力佔據總部設施，血洗NERV總部。在其間，明日香醒覺，以二號機反抗入侵的武力。SEELE派出了EVA量產機系列來反擊，九架塔載了永久動力S^2機關、用渚薰為基礎的模擬插頭驅動的EVA系列。此九架EVA在及後還用以幫助補完之用。
另一方面，美里極力帶真嗣到初號機處，希望他能夠再次駕駛。可惜初號機被電木樹脂封著，令真嗣不能駕駛。在初號機中的唯作出有限的活動，令得真嗣能駕駛，只可惜二號機已慘遭量產機分屍。見到明日香的情況，真嗣已快要崩潰了，初號機亦全面進入暴走狀態。
而在碇源堂方面，他正在最終教條，與LILITH、零在一起。他將手插入已釋放AT力場的零的胸口，想利用零及手上的亞當，與LILITH融合，成為補完的控制人，再見碇唯。可是，零起了變化，她背叛了碇，自己帶著亞當，與LILITH融合。
這時初號機，在暴走的情況，他竟然召回了在月球軌道上的朗基努斯之槍。而一眾量產機亦將初號機帶上高空，形成逆生樹的圖形，引發力量，將整個地底城市GEO FRONT，亦即LILITH之卵黑之月掘起。
正在巨大化的LILITH，來到了初號機所在地，與一眾量產機的AT力場產生共鳴，進行同化。朗基努斯之槍與初號機的核心融合，形成生命之樹。而碇真嗣，竟然就此成為了這個補完的操縱者。
補完失敗
心裏非常複雜的真嗣，到最後有了一個「大家都去死吧！」的念頭，於是LILITH身上就發出了反AT力場，物質化為一個一個的零，不論生死，將所有人的肉體變回最原始形態LCL。而靈魂就透過黑之月，再由LILITH的手部進入到其身體中，所有東西都成為一體了。而碇源堂也見到了碇唯，並向其說出自己的不對，向真嗣道歉。
在LCL之海的真嗣，看到這樣的情況，認為那不是他自己所想的世界。因此，他先從自己身上分出了綾波零，建起心之壁。最後，他還是想變回以前一樣，因此，整個補完失敗了，AT力場再將每個人分隔。LILITH遭到解體，所有靈魂得以釋放。
至於，是否所有人都能夠回來？那要看他們的生存意志了。碇唯說，只要有想活下去的心，人們就能得回自己的身體。
初號機，結果與朗基努斯之槍脫離了LILITH的身體，永久地在宇宙活下去，就算是寂寞的，也留下了人類存活過的證明。事件到最後，大贏家是碇唯。
ONE MORE FINAL: I NEED YOU
這是動畫中加插的一幕，用以交代真嗣的情況。
情況是，我們看到真嗣跟明日香還活著，而畫面中並未有其他的人類的出現。
真嗣醒來，捏住明日香的頸，像要殺死她似的。明日香輕撫真嗣，真嗣結果哭起來，明日香說了一句：真不舒服。
這個情景究竟有甚麼義意？真嗣為甚麼要捏明日香？這個在EVA迷當中有很多不同的猜測。就筆者而言，真嗣一念之間，令到所有人得以重生，但也將心之壁建起，人與人之間再存在著孤獨。因此，真嗣的行動代表了他對孤單的厭惡。但明日香的輕撫，向真嗣表達了就算人與人之間存在著隔膜，但仍有情，透過關懷而連繫人心。
想提一下是英文Eyecatch，跟TV版似乎是相對的。在TV二十五話，Eyecatch為"Do you love me？“。在AIR中，Eyecatch為"Love is destructive.”，令人想起了補完過程中，人們失去形體前都是見到最愛的人。
在TV二十六話Eyecatch為"Take care of yourself.“，而在One more final中，似乎對這句話作出回應，我還是不能照顧自己的，Eyecatch為"I need you.”。