第二十三話：摘要
第二十三話首先明顯的轉變是有關零號機大戰第十六使徒。在零跟使徒進行精神接觸後，零號機背後長出了使徒。源堂見到此情況，立刻命令初號機出擊。當初號機來到，使徒立刻對他進行攻擊。初號機雖避過了，但步槍給毀爛。接著真嗣抓著那光線條，跟其角力。使徒接著便開始跟初號機的手同化，真嗣驚訝地望著自己雙手。
美里叫真嗣使用高振動粒子刀，真嗣將刀插進使徒內。使徒的傷口濺血，並發出像零的聲音的尖叫。使徒的尖端(並非零號那一端)變化成零的模樣，拿著初號機的頭。
此時，在零號機裏的零說：「碇？這是我的心？想和碇在一起？不行。」零號機胸前的裝甲裂開，紅色的核心將使徒吸進去。當整個使徒給吸入核心中，核心已漲大至如零號機的大小。零啟動自爆系統。當啟動完成，漲大了的核心縮回零號機的胸中，直至沒有東西剩下。經過了臨界點之後，零回望，看到碇源堂的微笑，流下了眼淚。
零號機開始起身，伸手向天像要抓住什麼似的。接著零號機幻化成巨大的白色的零，爆炸了。
下一幕新場是源堂與冬月站在模擬系統前。冬月說了些關於零的話，但源堂站在過往零常常進入的管前面，沉默不語。
另外，有關於EVA的墳場的一幕更新了。EVA的骨架看上去比以前更具人形及詭異可怕。
在律子帶領真嗣與美里到DUMMY PLUG的地方，當律子說出一些有關EVA、零、神的秘密時，在原本的動畫中，只是映著那一大堆空殼的零。但在補完版中，在這個畫面上再浮現出一些歷史畫面，如第二次衝擊、光之巨人，其中更有EVA的製程，及碇唯在實驗時的裝備。