第二十四話：摘要
小明日香在一片橙色的地跑，找到她媽媽卻目擊到她上吊的模樣的場景之後，加了一場明日香得知加持先生之死的場景，此場景由Death而來。然後是真嗣與明日香的爭吵，內容是關於加持良治的死訊。然後是明日香浸在骯髒、啡色的浴江水中的場景。在這個場景中，增加了太陽光讓場景更光亮及清楚。另外，這場景中亦更加重了明日香的祼體狀態。
真嗣首次遇見渚薰的場景的動畫品質改善了。
當碇源堂向初號機談及第十七使徒的事時，見得亞當被植入碇源堂的手。
渚薰在電梯遇見零的場景中，加了新的對白。
在真嗣與渚薰睡覺的場景，一個全新的，從未見過的場景加入了。在這個場景中，渚薰在蘆之湖秘密接見SEELE，而此處正是他首遇真嗣的地方。接著我們看到美里正在秘密監視著他，而渚薰向著美里微笑…
當渚薰進發到Lilith那裏時，SEELE的對話有些改變，而某些場景的質素改善了。而Lilith的下半身也長了出來。
而第二十四話結尾場景，包括了改變了的地方，的對白在此。